16S、18S、ITS等扩增子测序（二代） 一步到位检测环境微生物多样性

扩增子测序是对特定长度的PCR产物或捕获的片段进行测序，分析序列中的变异。

16S/18S/ITS等扩增子测序即通过提取环境样品的DNA，选择合适的通用引物扩增16S/18S/ITS的目标区域，

通过检测目标区域的序列变异和丰度，以研究环境微生物多样性及群落组成差异。

16S/18S rDNA为编码原/真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。

ITS分为两个区域：ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之间，ITS2位于5.8S和28S之间。

16S/18S/ITS等扩增子测序（三代）

一次分析多个高变区信息，还原真实微生物群落结构

全长扩增子（16S/18S/ITS）测序基于Pacbio长读长测序平台，以16S为例，可以一次性获得9个高变区序列信息，获得注释到“种”的分类鉴定！不仅可以提高物种鉴定分辨率，还可以通过全长序列进行准确的物种注释，从而更加真实地还原样本中微生物的群落结构。

应用方向

细菌多样性研究：16S全长

真菌多样性研究：ITS全长

真核微生物多样性研究：18S全长

功能基因研究：反硝化细菌nirS、固氮菌nifH等

样本类型

土壤/污泥/沉积物/腐殖质

水体滤膜(孔径 0.22-0.45μm/直径 3-4cm)

拭子

瘤胃液/发酵液/组织液(离心有明显沉淀)

粪便/肠道内容物

动物/人组织

血浆

鲜奶

应用方向

医学领域：疾病与人体微生物间关系，如代谢类疾病、消化类疾病、自身免疫性疾病、肿瘤癌症、神经类疾病及其他疾病等

环境领域：某一特定环境（雾霾、沙尘等污染环境，住宅、商场等生活环境）的微生物群落组成，有机肥发酵处理、污水治理、石油降解、水体及海洋等微生物群落分布和组成等

畜牧领域：肠道、瘤胃等微生物与动物繁殖、生长发育、营养健康、免疫和疾病治疗等的互作关系

农业领域：根际微生物与植物互作、农业耕作/施肥处理与土壤微生物群落等

生物能源：特殊功能的菌株、工程菌的开发

特殊极端环境：极端环境条件下的微生物类群研究

我们的优势

周期短, 性价比高：采用最新测序平台，通量更高，速度更快，运行时间更短，周期最短可达10天

科学方案设计：从材料选取，建库测序，到数据分析， 每一步都需要科学、缜密的设计，以保障高质量研究成果

常见问题

1.16S测序哪个区域比较合适？

诺禾致源提供的几个测序区域来自文献调研，但是目前并没有研究表明哪个测序区域更好。有文章研究表明土壤样本，16S V4区（515F-806R）比较适合做扩增子研究，可检测的物种多样性更丰富， 并且可重复性强（PNAS. 2013. 110(16): 6548-6553.）。

2.若关注环境中的真核微生物多样性，ITS测序和18S测序哪个更好?

ITS测序主要是针对真菌多样性的研究，注释准确度高；18S测序针对的是真核微生物，注释到的范围广，但是就真菌来说精确度相对较低；可根据研究目的合理选择测序方案。

3.扩增子与宏基因组的区别？

扩增子主要分为16S、18S、ITS测序，关注环境样本中的物种组成，该技术物美价廉，实用性高。宏基因组关注环境样本中的物种组成、功能组成及代谢通路等信息，该技术深入挖掘环境样本功能层面的信息。

4.样本送到公司，什么时候可以拿到结果？

自样本检测合格之后开始计算周期，包括建库、测序、数据分析、结题。扩增子周期共计20个自然日。

常见问题

1. 三代扩增子有什么优势？

三代扩增子可以获得更准确的物种注释结果，一次实现多个高变区的扩增和测序，种水平注释结果可信度更高。

2. 样本送到公司，什么时候可以拿到结果？

三代扩增子可以获得更准确的物种注释结果，一次实现多个高变区的扩增和测序，种水平注释结果可信度更高。自样本检测合格之后开始计算周期，包括建库、测序、数据分析、结题。全长扩增子周期共计30个自然日。